По первой фотке: обрезайте тот корень целиком.
Насчет шейки корня. Если она сухая, неживая - то аккуратно обрежьте ее до здоровой ткани. И срез обработайте молотой корицей, углем или замажьте зеленкой. Если живая, то очистите ее аккуратно от черноты и обработайте чем-нибудь противогрибковым.
Потемневшие корни на фото 3, вероятно, находились на поверхности (над субстратом) и приобрели такой цвет от воздействия жесткой воды и удобрений.