Наталья, добрый вечер!
Не думайте, что я про Вас забыла, просто не было возможности ответить, проблемы с интернетом.
Листья лопухами растут от недостатка света.
Надо смириться с тем, что у лимона никогда больше не будет таких листьев, как были при покупке, только если их обрабатывать спец гормонами, сдерживающими рост. Я видела цитрусовые деревья в Италии и Испании, но даже там, при достаточном количестве и качестве освещения листья на деревьях не одинаковые по размеру, цвету, толщине. Чем больше света достается листу, тем меньшего размера и плотнее он вырастает. У меня в осеннюю волну роста тоже лопухи растут, особенно со стороны комнаты, ну и что, за то зеленые-красивые. 
То, что листья с пятнами отпали, говорит о том, что с корнями не все в порядке, что деревце за все это время не восстановило потерю корней. Какие-то корни, конечно наросли, но еще не в достаточном количестве.
Что делать?
Наталья, как ни странно это прозвучит, но ничего не делать! 
Объясню почему: цитрусы оооочень болезненно переносят полное отмывание корней и, чем дерево старше, тем болезненнее оно переносит эту процедуру. Вы отмыли ему корни в зимнее время!!! А это значит, что цитрусу потребуется большее время на восстановление. Вам повезло! Ваш лимон умничка и он хочет жить! Не торопите его! Будьте готовы к тому, что в этом году он будет наращивать корни в первую очередь, а уж потом листву, а значит весь год он будет лысым.
Попробуйте повернуть его лысой стороной к свету, так будет больше шансов, что на лысых веточках проснутся почки.
И еще! Наталья, такие коричневые пятна на листьях говорят об одном(если не было отравления удобрениями), что грунт переувлажнен! Надо быть очень осторожной с поливом!
Лимоны это полупустынные растения, им легче перенести жару и небольшую засуху, чем постоянно мокрый грунт. Если есть кухонные весы, взвесте горшок, когда он хорошо просох (на 4-6см вглубь), потом полейте и взвесьте еще раз. Следующий полив, когда вес горшка будет такой же как до полива.
Пока есть проблемы у лимона, НИКАКИХ ПОДКОРМОК!!!
